Początki Katedry sięgają 1967 r., kiedy zatwierdzono plany powstania Uniwersytetu Gdańskiego. Władze ówczesnej Wyższej Szkoły Pedagogicznej rozpoczęły działania mające na celu zorganizowanie poszczególnych jednostek na powstałym wówczas Wydziale Biologii i Nauk o Ziemi. Budowę od podstaw zespołu naukowego i zaplecza dydaktycznego Katedry Botaniki zainicjowała dr hab. Hanna Piotrowska, wywodząca się ze szkoły znanego geobotanika, profesora Zygmunta Czubińskiego z Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu. Po przeniesieniu do Gdańska została mianowana na stanowisko Kierownika Katedry Botaniki.
Prof. Hanna Piotrowska - założyciel i pierwszy Kierownik Katedry Botaniki
Kadra dydaktyczna podczas zaliczenia zajęć terenowych w Puszczy Białowieskiej w 1970 r.
Pierwszą siedzibą uniwersyteckich botaników był budynek przy al. Czołgistów w Gdyni (aktualnie al. Piłsudskiego), a całe wyposażenie stanowiło zaledwie kilka szafek i biurek. Tego samego roku jesienią został przeprowadzony pierwszy nabór studentów na kierunek Biologia. Ówczesna kadra naukowo-dydaktyczna składała się zalewie z kilku pracowników. Byli to: mgr Maria Herbich, mgr Jadwiga Stasiak, Jacek Herbich i Ryszard Markowski (dwaj ostatni wówczas jeszcze studenci V roku).
W 1970 roku Katedra zmienia nazwę na Zakład Botaniki Instytutu Biologii Uniwersytetu Gdańskiego, a następnie w 1982 zostaje przekształcona w Katedrę Ekologii Roślin i Ochrony Przyrody. W tym samym czasie prof. dr hab. Hanna Piotrowska wraz z współpracownikami prowadzi już szerokie spektrum badań geobotanicznych na Pomorzu oraz tworzy Zielnik Uniwersytetu Gdańskiego.
Pracownicy i studenci Katedry podczas badań mikroklimatyczne w Jarze Raduni
Wyjazd terenowy gdańskich botaników w Bieszczady w towarzystwie czołowych polskich botaników
W roku 1991 Katedra Ekologii Roślin i Ochrony Przyrody zmienia swoją siedzibę i przenosi się do przedwojennego budynku uniwersyteckiego Studium Wojskowego przy al. Dzierżyńskiego (obecnie al. Legionów) w Gdańsku Wrzeszczu.
W roku 1995 kierownictwo Katedry obejmuje prof. dr hab. Wiesław Fałtynowicz. We wrześniu tego samego roku Katedra współorganizuje 51 Zjazd Polskiego Towarzystwa Botanicznego pod hasłem „Botanika polska u progu XXI wieku”. Na uroczystym otwarciu wręczono medal im. prof. Bolesława Hryniewieckiego pani prof. dr hab. Hannie Piotrowskiej oraz medal im. prof. Władysława Szafera panu dr hab. Dariuszowi L. Szlachetko.
Prof. Wiesław Fałtynowicz w poszukiwaniu porostów naskalnych na stokach Łysej Góry
Badania terenowe w Wolińskim Parku Narodowym
W 1999 prof. dr hab. Wiesław Fałtynowicz występuje z wnioskiem o wydzielenie z Katedry Ekologii Roślin i Ochrony Przyrody dwóch niezależnych jednostek — Katedry Taksonomii Roślin i Ochrony Przyrody oraz Katedry Ekologii Roślin. W strukturach nowej Katedry wydzielono dwie Pracownie: Pracownię Taksonomii Roślin oraz Pracownię Geobotaniki i Ochrony Przyrody. Kierownikiem Katedry oraz Pracowni Taksonomii Roślin został, pełniąc tę funkcję do dzisiaj, prof. dr hab. Dariusz L. Szlachetko. Kierownictwo Pracowni Geobotaniki i Ochrony Przyrody objął prof. dr hab. Jacek Herbich.
W 2008 roku uchwałą senatu został wydzielony ze struktury Wydziału Biologii, Geografii i Oceanologii Wydział Biologii, a pierwszym Dziekanem został prof. dr hab. Dariusz L. Szlachetko. Funkcje tę pełnił do roku 2016. Z jego inicjatywy rozpoczęto realizację projektu budowy nowego gmachu Wydziału Biologii.
Prof. Dariusz Szlachetko z Phragmipedium kovachii, jednym z najpięknieszych storczyków neotropikalnychy
Badania terenowe pracowników i studentów Katedry
W 2012 roku po raz pierwszy wszystkie jednostki Wydziału, wraz z Dziekanatem, znalazły się w jednym, wspólnym budynku przy ul. Wita Stwosza 59 na terenie Kampusu Oliwskiego (Bałtyckiego) UG. Wydarzenie to w znaczący sposób poprawiło warunki naszego funkcjonowania, zarówno w sferze pracy badawczej, jak i dydaktycznej.
W 2013 roku pracownik Katedry - dr inż. Katarzyna Żółkoś obejmuje funkcje Kierownika Stacji Biologicznej Uniwersytetu Gdańskiego, gdzie wraz z dr Agnieszką Sadowską prowadzą zajęcia z zakresu edukacji przyrodniczej dla szkół. Na terenie Stacji od kilku lat funkcjonuje Laboratorium Wydmowe – pierwsze tego typu miejsce w Polsce. Więcej informacji na temat Stacji Biologicznej i jej działalności na www.stacjabiologiczna.ug.edu.pl oraz www.facebook.com/stacjaug.
W wyniku prężnego rozwoju badań lichenologicznych, zapoczątkowanych przez prof. dr hab. Wiesława Fałtynowicza i kontynuowanych przez prof. dr hab. Martina Kukwę, w 2014 roku zostaje utworzona Pracownia Taksonomii Grzybów, której Kierownikiem zostaje prof. dr hab. Martin Kukwa.
Czwarta, najmłodsza Pracownia Katedry – Pracownia Symbioz Roślinnych powstaje w roku 2016, a kierownictwo w niej obejmuje prof. dr Marc-André Sellosse, zatrudniony od 2012 roku w Muzeum Historii Naturalniej w Paryżu, a od 2014 roku również jako profesor wizytujący Wydziału Biologii Uniwersytetu Gdańskiego.